Der Dom beheimatet zwei größere Orgeln:
Im nördlichen Seitenschiff, in unmittelbarer Nähe zum Hauptblock, befindet sich seitlich auf einer kleinen Empore die Marcussen-Orgel von 1970.
Im Taufrund steht eine italienische Barock-Orgel von 1777, eine Leihgabe der Musikhochschule Lübeck.
Außerdem stehen im Dom ein kleiner Flügel, ein Harmonium und eine Truhenorgel der Firma Rohlf.
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